Die erste nachweisbare Orgel der Landauer Stiftskirche wurde 1608 erbaut. Das prächtige Gehäuse der heutigen Orgel stammt vom dritten Instrument in dieser Kirche, einer gro­ßen, einmanualigen Orgel, die Jgnaz Seuffert aus Kirr­weiler 1772 vollendete. Bemerkenswert ist, dass die geschnitzten und vergoldeten Verzierungen nicht wie üblich aus leicht zu be­arbeitendem Lindenholz, sondern aus Eichen­holz gearbeitet sind.
Die Orgel hatte bis 1898 ihren Platz auf der Westempore.

Ende der 1950er Jahre begann eine große Innenrenovierung der Kirche. In diesem Zusammenhang wurde die Walcker-Orgel aufgegeben und demontiert. Zunächst wurde 1959 eine kleine Chororgel eingebaut. Das historische Gehäuse wurde wiederum auf die Westempore umgesetzt. Hinter dieser Fassade entstand 1963 ein Neubau mit drei Manualen und 45 Registern durch die Gebrüder Oberlinger. Die Tontraktur war mechanisch, die Registertraktur elektrisch. Materialeinsatz und Verarbeitungsweise zeigten den damals seit der Nachkriegszeit vorherrschenden deutlichen Willen zur Sparsamkeit. So wurden über die Hälfte der Pfeifen aus verschiedenen älteren Orgeln übernommen. Die schwierige und ungeschickt gelöste räumliche Konzeption in und hinter dem historischen Orgelgehäuse führten zu einer sehr großen Tiefenausdehnung, so dass das Spiel sehr viel Kraft erforderte. Das Werk zeigte von Anfang an eine große Reparaturanfälligkeit und nicht optimale Klangabstrahlung. Immer wieder mussten zum Teil erhebliche Summen investiert werden, ohne dass eine dauerhafte Stabilisierung des Zustandes erreicht werden konnte.